Le principe de la cohérence cardiaque est basé sur la variabilité du rythme cardiaque. Au quotidien, le coeur en bonne santé bat de manière "chaotique". C'est-à-dire que la courbe de la fréquence cardiaque présente de grandes variations dans son tracé (rouge) tandis que sous l'effet d'émotions agréables et d'une respiration apaisante, nous pouvons observer un tracé plus harmonieux et cohérent (bleu). Plus la personne sera en état de stress chronique et/ou d'émotions "négatives", moins elle sera capable d'élever son score de cohérence.
Les données récentes en neurobiologie valident aujourd'hui que la variabilité cardiaque est le reflet de l'activité du système nerveux autonome (sympathique - l'accélérateur - ; parasympathique - le frein -). Si nous percevons intimement que le cerveau et le corps influencent l'activité cardiaque, sous le coup d'une émotion forte ou d'un exercice physique, par exemple, nous concevons rarement que le contrôle volontaire des battements cardiaques puisse influencer en retour l'activité cérébrale. Pourtant, ce lien existe : le coeur est directement relié aux structures limbiques du cerveau (émotions) et en état de cohérence l'information qu'il envoie au cerveau produit une harmonisation, un équilibre du système sympathique et du système parasympathique. Cet équilibre physiologique est observable notamment par une diminution du taux sanguin de cortisol (hormone du stress).
L'apprentissage d'un rythme respiratoire d'environ six respirations par minute permet "d'entrer" volontairement en état de cohérence cardiaque. Cet apprentissage est d'autant rapide, précis et efficace qu'il se fait grace à l'aide d'un logiciel de biofeed-back (capteur d'onde de pouls). Dans un premier temps, l'amélioration de son score de cohérence (en vert) va permettre de "neutraliser" physiologiquement les effets du stress. Dans un deuxième temps, l'apprentissage s'oriente vers la "gestion" des émotions et la mise en silence du mental (dialogue interne).